у каждого человека в генотипе присутствует от 900-1100 заменяющих аминокислоту слабовредных мутаций. Количество таких мутаций увеличивается примерно на одну за поколение за счет спонтанного мутационного процесса.

Для начала представим себе ситуацию, в которой отбора нет вообще. Выше мы говорили, что такого не бывает, но вообразить-то можно что угодно. Допустим, мы пытаемся спасти вымирающий вид животных и у нас остались только две особи: самец и самка. Мы их скрестили и получили потомство — одного сына и одну дочь (поколение 1). Допустим, что по каким-то причинам мы не можем получить от пары родителей больше, чем одного сына и одну дочь. У сына будет десять новых слабовредных мутаций, у дочери — тоже десять, но других.

Скрещиваем теперь брата с сестрой: у нас просто нет другого выхода, если мы хотим сохранить вид. Вредными последствиями инбридинга (близкородственного скрещивания) давайте для простоты пренебрежем. Получаем потомство — девочку и мальчика. Каждый из них унаследует от каждого родителя в среднем половину его вредных мутаций (5 + 5 = 10), плюс еще появится десять новых. Итого, в поколении 2 каждая особь будет иметь в среднем по 20 вредных мутаций. В поколении 3 будет уже 30 мутаций, и т. д. Вырождение в таких условиях (когда нет никакого отбора) происходит быстро и неотвратимо. Очень скоро мы получим поколение настолько слабое, чахлое, болезненное и бессильное, что никакая суперсовременная медицина не поможет получить от этой пары потомство.

В эксперименте с дрозофилами, когда в живых оставляли двух потомков от каждой самки, экспериментаторы тем самым как бы сказали мухам: “Дорогие мухи, отныне все мутации, снижающие вашу плодовитость до десяти, пяти или даже до двух потомков за жизнь, больше не будут для вас вредными. Сколько бы вы ни нарожали, все равно в живых останутся ровно двое”. Мухи обрадовались и быстро накопили мутации, снижающие плодовитость, но при этом совершенно безвредные для них в условиях эксперимента. Потом экспериментаторы пришли и сказали: “Вообще-то мы пошутили. Эти мутации все-таки вредные, и мы их сейчас у вас подсчитаем. Ах, как вы выродились!”

Печально. Но если аргументы не состоятельны, то это напротив подтверждает оригинальный посыл, о влиянии естественного отбора.
По данной ссылке, как ты мог заметить, Марков оспаривает Кондрашова. Апеллируя к механизмам фиксации в крупных популяциях.

Неправота их заключается в том, что они считают в естественных условиях отбор элиминируют вредные мутации, а вот теперь у нас условия неестественные и всё плохо (или не так плохо).
А с моей точки зрения, которая подтверждается рядом реальных фактов, например, о количестве наблюдаемых мутаций в популяции, естественный отбор неспособен элиминировать слабовредные мутации. Другими словами, наличие отбора - не оказывает влияние, время, необходимое и для того, чтобы убрать эти мутации и для того, чтобы их число стало значимым сравнимо в временем существования вида как такового.

Да вроде бы никто и нигде не отрицал, что вредные мутации встречаются в популяциях. Вопрос в их количестве, и механизмах, которые не дают этому количеству расти, если их суммарный эффект начинает приближаться к некоторому пределу, в котором начинает значимо влиять на репродуктивный успех.
Под "иллюминирует", не стоит понимать немедленной исчезновение. Лишь тенденция, которая отчасти перекрывается множеством внешних факторов.

Я утверждаю не то, что они встречаются, а то, что их МНОГО. И это число постоянное - появление новых слишком редко, а отбор не способен их увидеть. И тот факт, что мы ослабляем или усиливаем отбор - ни на что не влияет.

По видимому, не так уж редко. И я не думаю, что отбор их "не видит". Чем их больше, и чем сильнее их влияние, тем сильнее и действие отбора. Мы же, напротив имеем ситуацию, где увеличение количества не ведет к очистке, которая должна компенсировать нарастающий эффект.

первыми в этом списке идут иммунная система, и мозг, поскольку из не "мусорной" части генома, до 80% всех генов, кодируют именно эти структуры.

Теперь попробуем оценить, какие вероятные последствия, может иметь тенденция к накоплению вредных мутаций. Хотя механизм накопления изменений, в среднем требует десятков тысяч поколений, для реализации значимых фенотипических изменений(если не рассматривать ситуации типа бутылочного горлышка), но у человека есть несколько признаков, которые особенно чувствительны к такого рода изменениям, так как кодируются огромным количеством генов, повреждение любого из которых, может дать значимый эффект.

Очень странная оценка. Или ты сюда собрал вообще всё? В том числе и гены домашнего хозяйства?
К примеру, если сравнивать с обезьяной, то человека смогли найти только три гена, где реально были заметные изменения.
Всё остальное касалось общего метаболизма и печени, что связано с переходом к активному хищничеству.

Видимо не вполне корректно выразился. Большая часть генов, кодируют не один белок, а их совокупность. И 80% из них, влияют на работу мозга.
Была статья в nature, по картированию генома мыши, оценка оттуда. Если нужно, могу поискать ссылку на статью.